Er ist verheiratet und hat einen Sohn. Als Spätberufener hat er erst mit Mitte 30 zum Glauben gefunden und ist dann später in die Ausbildung zum Ständigen Diakon eingestiegen. Am 02.10.2021 wurde Matthias Mitlöhner von Erzbischof Reinhard Kardinal Marx zum Ständigen Diakon geweit und ist derzeit bei der Stadtkirche Kolbermoor eingesetzt.